Da Fred Flintstone (John Goodmann) personlighedstest bliver forbyttet, skifter han position fra at være Slate & Company Bronto-kranfører til vicepræsident.

Men der viser sig at være ugler i mosen i Bedrock: en gemen overordnet(Kyle MacLachlan) og hans sekretær (Halle Berry) planlægger et plot, hvor de vil bruge Fred som syndebuk i underslæbsskandale.