Disneys storslåede tegnefilm handler om den uerfarne, unge eventyrer Milo Thatch der bliver nøglen til gåden om den forsvundne by Atlantis, da han tager på udflugt på havet med en flok dristige opdagelsesrejsende.Milo er en naiv, men stålsat eventyrer der er fast besluttet på at fuldføre sin farfars søgen efter sagnbyen.

Da han støder på nogle hidtil ukendte dokumenter, kaster en excentrisk milliardær en ordentlig pose penge i en ekspedition.