Cody Banks er en ganske almindelig teenager – udadtil i hvert fald. Han er en haj på skateboard, hader matematik og er seriøst dårlig til matematik og piger. Men Cody har en hemmelighed...
Han er CIA-agent og udlever enhver tænkelig drengedrøm: Han kører bil som en stuntmand, han vælter sig i vildt seje dimser og den kvindelige agent der har ansvaret for ham er totalt lækker.
Men en dag bliver alt det, Cody synes er en leg, til dødeligt alvor: Han skal gøre sig gode venner med Natalie Connors, for hendes forsker-far er blevet bondefanget af forbryderorganisationen E.R.I.S., for hvem han udvikler en hel flåde af dødelige nano-botter.