Efter at have besejret deres ærkefjende, Flænseren, keder de fire Turtles sig, og fordriver nu tiden i deres bolig i New Yorks kloakker med pizza, skateboards og lidt småjobs.

Deres sensei, rotten Splinter, vil gøre alt for at holde dem sammen, og da der sker mystiske ting i byen, kommer de fire Turtles på deres hidtil største opgave.

Milliardæren Max Winters er ved samle en uovervindelig hær af urgamle monstre, der skal hjælpe ham med at få verdensherredømmet!

Nu må holdet af superninjaer vise, hvad de kan, og Leonardo, Michelangelo, Donatello og Raphael er tilbage i hårdeste stil. Med hjælp fra deres gamle venner April O’Neal og Casey Jones må de fire Turtles gøre sig klar til deres livs største kamp.

Det bliver den vildeste kamp mod tiden, og de får brug for alle deres tricks og moves!

Filmen er med dansk tale.