Efter en vellykket tur til Mars, vender astronauterne Patrick Ross (Justin Lazard), Dennis Gamble (Mykelti Williamson) og Ann Sampas (Myriam Cyr) hjem til jorden uvidende om, at de er blevet inficeret med DNA fra en alien. Selvom de burde overholde deres 10 dages karantæne efter hjemkomsten, begynder Patrick at dyrke sex med flere kvinder. De bliver gravide og dør kort efter fødslen af deres mutantbørn. Samtidig - i et laboratorium - er man i gang med at udføre eksperimenter med Eve (Natasha Henstridge), der er halvt menneske, halvt alien, og som er klonet fra Sil, der gjorde det hedt for adskillige mennesker i den første Species film.