Familiefilmen 'Skolen med magiske dyr' er en filmatisering af Margit Auers populære børnebogserie, som er solgt i næsten 5 mio. eksemplarer.

Ida Kronborg er flyttet til en anden by, og er nu den „nye pige“ på Østre Skole. Hun har det svært i klassen, hvor den ledende pigegruppe holder hende udenfor, og så er der kun én siddeplads tilbage til hende på første skoledag – ved siden af outsideren Benja.

En dag introducerer hendes lærer børnene for Mortimer Morrison, der rejser rundt i verden og leder efter „magiske dyr“. Hvert af disse dyr er forudbestemt til at blive et barns soulmate. Af alle eleverne er nytilkomne Ida og outsideren Benja de første i klassen, der får magiske ledsagere!

Fra nu af har Benja den ældgamle og kloge skildpadde Henrietta ved sin side og Ida den snedige ræv Rabbat, og da genstande begynder at forsvinde fra skolen, må børnene og de magiske dyr holde sammen for at løse mysteriet om „skoletyven“.