Cry Baby, en stærk og følsom pige, bliver sendt på en foruroligende søvnig skole, der ligger skjult nedenunder en statelig facade. Heldigvis har hun en sød men kompromisløs bedste ven, som er der for hende, når hun bliver mobbet af de andre elever, hvis hjerner bliver kontrolleret af rektor og hans ondsindede lærerstab. Ved hjælp af de magiske venner, som de to venner møder på deres vej, såvel som en engleblid Åndelig Vejleder, er de i stand til at få kræfter nok til at kæmpe sig fri af skolens krigerisk patriarkalske kontrol.