Planeten Eltoria dør langsomt på grund af ødelæggelser. Kirie og Iris er to bedste-venner, som prøver at finde måden hvorpå, de kan genopleve deres planet.

Deres søgen fører dem til Japan på Jorden, hvor de møder tre piger: Nanoha Takamachi, Fate Testarossa og Hayate Yagami.

Dette møde fører til et slag, som vil afgøre de to planeters skæbne.