'Den magiske legetøjsbutik' handler om Molly Minhonning (Natalie Portman), en genert og sky ekspedient i Mester Magoriums Magiske Legetøjsbutik, det mærkeligste, mest fantastiske og mest vidunderlige sted i hele verden hvor alt legetøj er levende.

Da Mester Magorium (Dustin Hoffman), butikkens 243-årige indehaver, testamenterer alt til Molly og oveni købet ansætter regnskabs-mutanten Henning Vester (Jason Bateman) til at tælle legoklodser, dukker og dinosauruser, bliver Den Magiske Legetøjsbutik rasende!

Mørke og mystiske begivenheder finder sted, og kun en 9-årig dreng Erik (Zach Mills) kan hjælpe med at genfinde magien.

'Den magiske legetøjsbutik' er en magisk film med dansk tale for hele familien.