I 'The Whistleblower' udstationeres den unge politibetjent Kathy (Rachel Weisz) i det krishærgede Bosnien i 1999 som en del af FNs internationale politistyrker. Her møder hun kollegaen, Jan (Nikolaj Lie Kaas), som hun indleder en affære med.

Kathys forventninger til at hjælpe med genopbygningen af det ødelagte samfund smadres totalt, da hun kommer på sporet af en gruppe FN-ansatte, der sammen med lokale entreprenør systematisk udnytter unge piger i en trafficking-organisation.

Da Kathy beslutter sig for at lække historien til pressen og afsløre sine egne kollegaer og chefer, begynder en livsfarlig kamp mod diplomatiets dobbeltspil og årtiers organisatorisk råddenskab for at få sandheden frem i lyset.

'The Whistleblower' er baseret på virkelig hændelser og stiller skarpt på en af de allerstørste skandaler i FNs historie.