250.000 maskiner er ved at bore sig gennem jorden ind til Zion og inden 72 timer når de byen og vil udslette befolkningen. Neo må have sine mægtige kræfter i spil i en fart og han møder oraklet.

Agent Smith har fået storhedsvanvid og kører sit eget løb og samtidig forudser Neo i drømme, hvordan hans elskede Trinity dør - en skæbne han for alt i verden må redde hende fra.