For 40 år siden var en Pokémon-jæger tæt på at fange Celebi – en grøn, flyvende Pokémon, som kan rejse i tid. Med sine sidste kræfter lykkedes det Celebi at undslippe jægeren og flygte til nutiden og med sig tog den drengen Sammy, der havde forsøgt at hjælpe den.
I nutiden finder Pikachu og Ash Sammy ude i skoven, og en ældre kvinde – som Sammy mødte i fortiden, da hun var en lille pige – forklarer dem sagernes sammenhæng.
Pikachu og Ash er ivrige efter at hjælpe, men snart møder de en fjende endnu værre end jægeren, Sammy efterlod i fortiden. Denne fjende besidder en Poké-ball kaldet Dark Ball, der kan transformere de Pokémoner, den fanger om til stærkere, men onde væsener.