Løven Alex er storbyjunglens konge. Han er hovedattraktionen i New Yorks zoologiske have. Ligesom sine venner, zebraen Marty, giraffen Melman og flodhesten Gloria, har han levet hele sit liv i lykkelig fangenskab. Maden bliver serveret på klokkeslæt og publikum kommer og kigger beundrende på dem.

Selvom Marty faktisk har det meget godt, hvor han er, løber nysgerrigheden af med ham. Han har altid gerne ville udforske verdenen uden for den zoologiske haves mure og med hjælp fra nogle pingviner, lykkes det ham at stikke af. Alex, Melman og Gloria følger med ham, men før de når at slippe løs i byens gader, bliver de fanget og sendt med skib til Afrika...

Men pingvinerne har andre planer og de saboterer skibet med det resultat, at Alex, Marty, Melman og Gloria strander på den eksotiske ø Madagascar. De fire indfødte storbyboer må nu forsøge at overleve i den vilde natur og udtrykket, at den stærkeste overlever, får pludselig en helt ny betydning.